Un plus pour le diagnostic génétique : le Variome
Une revue de 2010 recensait plus de 60 maladies liées à une mutation d’un gène. On sait par l’observation clinique qu’avec la même mutation, la maladie peut avoir une pénétrance variable. Avec le développement des techniques de séquençage d’exome, on trouve fréquemment des variants dont on connait mal la pathogénicité. La détermination de la pathogénicité nécessite des recherches dans les données publiées, mais aussi des hypothèses en fonction de la localisation dans le gène, la nature de l’anomalie biochimique, la recherche chez de sujets réputés sains, ou des analyses fonctionnelles avec des programmes calculant la vraisemblable conséquence d’une telle modification. Un variant non pathogène n’est, le plus souvent, pas publié, ni mis à la disposition de la communauté scientifique, ce qui provoque des pertes de temps et de moyens pour d’autres laboratoires.
Le Human Variome Project (HVP) propose la mise en commun de registres internationaux de variants et de leur rôle pathogène ou non, ce qui permettrait de meilleures corrélations génotype/phénotype. Cette base de données est hébergée par l’université de Leiden (Leiden Open Variation Database) et contient actuellement 95% des variants publiés. Ce projet nécessite l’adoption d’un vocabulaire commun, de bases de données partagées, de classifications communes, et d’un comité d’experts chargé du tri et de la mise à disposition des milliers de données déjà acquises et à venir sur les variants. Cela suppose une collaboration étroite des généticiens pour déclarer les variants qu’ils ont découverts, des cliniciens pour rapporter les observations, des patients (et de leurs familles) pour qu’ils acceptent que les données cliniques soient transmises à ces bases de façon anonyme. Actuellement, pour les maladies rénales, il existe de nombreuses bases de données qui pour la plupart sont incomplètes ou seulement centrées sur un gène ou une pathologie, soit qu’elles soient non exhaustives, soit qu’il n’y ait pas la corrélation clinique. Certaines sont payantes ou leur financement n’est pas pérenne, et d’autres dépendes de l’énergie d’un petit nombre de personnes.
Le but du HVP est d’avoir une seule base pour chaque gène, collectant tous les variants, et rapportant la clinique de la population étudiée, en accès libre pour les chercheurs, et d’assurer la pérennité de ces bases. Mais aussi de créer des bases par symptômes cliniques (syndrome néphrotique, hématurie, CAKUT.)
Les néphrologues cliniciens sont concernés principalement pour accepter (et faire accepter à leurs patients) que les données cliniques soient transmises à la base de donnée au diagnostic et pendant le suivi pour le patient et sa famille. Dans les projets de recherche ou les publications d’articles, ils peuvent aussi s’engager à utiliser le HVP.
Savige J, Dalgleish R, Cotton RG, den Dunnen JT, Macrae F, Povey S. The Human Variome Project: ensuring the quality of DNA variant databases in inherited renal disease. Pediatr Nephrol. 2015;30:1893-901
Mise en ligne : 10/05/2016
