A kidney-disease gene panel allows a comprehensive genetic diagnosis of cystic and glomerular inherited kidney diseases
Bullich G et al, Kidney Int. 2018 May 22. pii: S0085-2538(18)30241-2. doi: 10.1016/j.kint.2018.02.027
Le séquençage de nouvelle génération a révolutionné le diagnostic des maladies rénales génétiques dans les dix dernières années, passant du séquençage traditionnel gène par gène, aux approches à haut débit permettant l’analyse de panel de gènes, d’exome, voire de génome entier. L’étude de Bullich et al, parue dans le Kidney international, illustre l’intérêt du recours aux stratégies de séquençage à haut débit en néphrologie, à travers le développement d’un panel de 140 gènes impliqués dans différentes néphropathies.
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L’analyse d’une cohorte de validation (n=116) de patients atteints de néphropathies glomérulaires familiales ou de polykystose rénale autosomique dominante (PKRAD), chez qui une mutation était déjà identifiée, confirme la bonne sensibilité du panel (99%). Dans la cohorte diagnostique, constituée de patients atteints de maladie kystique (n=207) ou de syndrome glomérulaires familiaux (n=98), l’approche diagnostique testée a permis la mise en évidence de la mutation causale dans respectivement 78% et 62% des cas.
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Dans la population pédiatrique présentant une maladie dite « kystique », des mutations de PAX2 (syndrome rein-colobome), des TSC1 et TSC2 (sclérose tubéreuse de Bourneville), de PKD1, PKD2 (PKRAD) de HNF1B, des gènes impliqués dans les néphronophthises, et de PKHD1 (polykystose récessive) étaient mis en évidence. Dans la population adulte, en dehors des mutations des gènes classiques de la PKRAD, des mutations de PKHD1, de HNF1B, TSC1, TSC2, OFD1 (syndrome oro-facio-digital), ainsi que des gènes de la polykystose hépatique étaient mis en évidence ; soulignant l’intérêt d’une approche génétique « large » par panel de gènes.
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Chez les patients présentant des néphropathies glomérulaires familiales, une forte hétérogénéité génétique était également mise en évidence. L’approche par panel NGS permet en outre l’identification de grands réarrangements par analyse des copy number variations ; et de mosaïsmes. La mise en évidence de cas complexes liées à la cooccurrence de mutations dans différents gènes (oligogénisme), souligne également l’intérêt du séquençage parallèle multiple. Au total, un diagnostic génétique était établi chez ~73% des patients testés, permettant d’établir un diagnostic étiologique non porté initialement dans 17% des cas. Cette étude démontre l’intérêt du recours à l’analyse génétique en néphrologie.
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A ce jour plus de 280 gènes ont été décrits ans les maladies rénales ; les analyses par panel, ou par exomes, restent sous-utilisées dans la pratique quotidienne néphrologique. Les coûts techniques des analyses étant en baisse constante, nous pouvons espérer un accès plus large dans les années à venir : pour cela, la formation des néphrologues aux pathologies génétiques, et le développement des collaborations génétique moléculaire/génétique clinique/néphrologie adulte et pédiatrique est cruciale.
Mise en ligne : 18/06/2018
